沈陽藥科大學(xué)國家藥物創(chuàng)新綜合性平臺檢驗檢測中心擴大技術(shù)裝備更新改造項目(三十六)招標項目的潛在供應(yīng)商應(yīng)在線上獲取招標文件,并于****年**月**日 **時**分(北京時間)前遞交投標文件。
軟件1
1、軟件主要技術(shù)要求
1) ▲軟件必須是統(tǒng)一完整的計算平臺,即所有功能模塊必須在唯一且相同的界面下使用。
2) 軟件必須能夠?qū)崿F(xiàn)在同一基本環(huán)境中方便搭建藥物分子、納米、催化劑及復(fù)合材料等模型,動態(tài)顯示計算結(jié)果;
3) 軟件必須支持標準的客戶端/服務(wù)器結(jié)構(gòu),兩端同時至少支持Windows和Linux兩種操作系統(tǒng),必須可以同時在Windows和Linux操作系統(tǒng)下運行計算任務(wù);
4) 軟件模塊必須可同時包含量子力學(xué)、分子力學(xué)動力學(xué)、高分子及介觀模塊方法、晶體學(xué)等模擬方法,軟件各模塊之間可以實現(xiàn)無轉(zhuǎn)換直接數(shù)據(jù)共享。
5) ▲為保證系統(tǒng)的安全性、可維護性和保密性,軟件在運行時只允許使用一個許可證加密文件,并且能夠在局域網(wǎng)內(nèi)浮動運行。
6) ★要求軟件的所有模塊必須為永久使用權(quán),提供一年免費升級。
7) 要求提供教育科研版、教學(xué)版。
2、軟件具體功能參數(shù)要求
1) 要求可用來搭建分子、晶體、界面、表面及高分子材料結(jié)構(gòu)模型,也可以構(gòu)建樣式各異的納米團簇、介觀尺度的結(jié)構(gòu)模型等。
2) ★要求提供采用原子軌道線性組合的方法描述體系的量子力學(xué)程序。
3) 要求提供使用平面波贗勢的方法的量子力學(xué)程序。
4) 要求能預(yù)測NMR化學(xué)位移和電場梯度張量。
5) 要求提供一款融合了密度泛函方法準確性和緊束縛方法高效性的半經(jīng)驗量子力學(xué)程序。
6) ▲要求將量子力學(xué)方法和分子力學(xué)方法結(jié)合在一起,能夠計算大體系的各種性能。
7) 要求能建立各種復(fù)雜無定型體系的模型,并對其主要性質(zhì)進行預(yù)測。
8) ▲要求提供一個支持對凝聚態(tài)材料進行原子水平模擬的力場。
9) 要求提供經(jīng)典分子力學(xué)工具,可以對分子或周期性體系進行快速的能量計算及可靠的幾何優(yōu)化以及動力學(xué)模擬,可以實現(xiàn)模擬淬火、退火等功能。
**) 要求提供一款采用蒙特卡羅模擬退火方法搜索吸附質(zhì)在基底材料上的最低能量吸附構(gòu)象的程序。
**) 要求提供一款基于巨正則蒙特卡洛方法預(yù)測單一或混合組分在微孔材料和介孔材料中吸附的程序。
**) 要求提供基于分子力場的晶格模擬程序,可以進行幾何結(jié)構(gòu)和過渡態(tài)的優(yōu)化,離子極化率的預(yù)測,以及分子動力學(xué)計算。
**) 要求提供一款以力場為基礎(chǔ),采用擴展的Flory-Huggins模型估算二元混合物體系相容性的程序。
**) 要求提供一個包含粗?;肿觿恿W(xué)以及耗散粒子動力學(xué)兩種方法,并以軟凝聚態(tài)材料為主要研究對象的介觀模擬工具。
**) 要求提供一款基于動態(tài)平均場密度泛函方法的介觀模擬程序,主要用于復(fù)雜流體,包括聚合物熔體和混合體系在介觀尺度的動力學(xué)研究。
**) ▲要求能模擬晶體材料的XRD、中子以及電子等多種粉末衍射圖譜。
**) 要求提供一套可以從高質(zhì)量的粉末衍射數(shù)據(jù)確定晶體結(jié)構(gòu)的完整工具。包括粉末指標化、Pawley精修、解結(jié)構(gòu)以及Rietveld精修。
**)要求提供一個通過材料晶體結(jié)構(gòu)預(yù)測其晶粒形貌的工具。它可對特定添加劑、溶劑以及雜質(zhì)存在下的晶體形貌研究提供幫助。
軟件2
1、詳細配置要求
1) 要求至少**個tokens庫,至少5年使用權(quán)含5年軟件升級,包含以下模塊:Canvas, ConfGen, Core Hopping, Epik, Glide, LigPrep, Jaguar, Jaguar pKa, MacroModel, Phase, Prime, QikProp, SiteMap。
2) ▲要求一個GPU license,5年使用權(quán)含5年軟件升級。
3) 要求提供界面 License,5年使用權(quán)含5年軟件升級。
2、主要技術(shù)指標
1) 提供藥物靶標結(jié)構(gòu)模建功能,模建時序列比對需提供Blast和PSI-Blast兩種方法,蛋白家族認證時使用HMMER/Pfam方法。軟件在確定模版時可以考慮家族信息。靶標Loop區(qū)預(yù)測采用從頭預(yù)測的方法;
2) 要求動力學(xué)功能,支持在GPU上運行,并提供隨機動力學(xué)和分子動力學(xué)兩種優(yōu)化方法。使用立方體、斜方體、截角八面體、菱形十二面體和任意三斜模擬盒在周期性邊界條件下執(zhí)行顯式溶劑模擬,并可用于在各種條件下對顯式膜系統(tǒng)進行建模。
3) 提供以下算法評價靶標蛋白結(jié)構(gòu)的合理區(qū)和不合理區(qū):RamachandranPlot;PeptidePlanarity;StericClashes;BondLengthDeviations;BondAngleDeviations;BackboneDihedrals;SidechainDihedrals;G-factorSummary;AverageB-factors;GammaAtomB-factors;SidechainPlanarity;ImproperTorsions;C-alphaStereochemistry;MissingAtoms;
4) 對接模塊,針對靶標結(jié)構(gòu)可以實現(xiàn)高通量虛擬篩選,在虛擬篩選過程中,根據(jù)時間和精度的需要,軟件提供三種對接模式:最快的模式可以2秒篩選一個配體;中等精度模式可**秒內(nèi)篩選一個配體;最高精度模式可5-**分鐘篩選一個配體。軟件在虛擬篩選時可以加入配體性質(zhì)過濾器,過濾器可以是分子量、反應(yīng)官能團、ADME性質(zhì)等,將不符合條件的配體從庫中排除。對接時要求打分函數(shù)包含靶標活性位點疏水面的計算,既可以考慮熵的變化也考慮焓的變化。軟件在虛擬篩選時能預(yù)測反應(yīng)官能團而有效發(fā)現(xiàn)結(jié)果中的假陽性。
5) 軟件提供工具構(gòu)建配體分子,配體分子應(yīng)包括有機化合物、肽、核酸或者多糖分子;
6) ▲軟件提供共價對接功能;
7) 軟件可以根據(jù)靶標配體的結(jié)構(gòu)和活性生成藥效團;
8) 可以預(yù)測藥物靶標配體的ADME性質(zhì)預(yù)測,能夠在對接過程中,對整個數(shù)據(jù)庫,或者單個分子計算ADME性質(zhì)。
9) 計算的ADME性質(zhì)包含反應(yīng)官能團(引起對接結(jié)果的假陽性和生物體內(nèi)毒性問題)、藥物針對中樞神經(jīng)系統(tǒng)的活性、藥物封閉HERG K+通道的IC**值、藥物的血腦屏障及血腦屏障模型MDCK細胞的滲透性;藥物的皮膚滲透性、可能的代謝反應(yīng)的數(shù)量、藥物和人的血清白蛋白的結(jié)合能力、口服藥物的吸收性、藥物從皮膚吸收到血液的最大滲透率等等;
**) 提供母核躍遷功能改造小分子化合物;
**) 提供基于結(jié)構(gòu)的藥效基團方法,可用于快速篩選數(shù)百萬種化合物(軟件不提供化合物庫,化合物庫需要客戶自行準備),從而獲得了基于配體和結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計方法的優(yōu)勢。
**)所有軟件功能必須在統(tǒng)一圖形操作界面下運行,要求提供5年的軟件使用權(quán)限,并且包含5年的軟件升級;
軟件3
1、軟件總體技術(shù)要求
1) ▲軟件必須是統(tǒng)一完整的計算平臺,即所有功能模塊必須在唯一且相同的界面下使用。
2) 軟件是國際通用、技術(shù)成熟的商用軟件,所有功能模塊為原廠商開發(fā)并整合在統(tǒng)一的軟件圖形界面下使用。
3) 軟件為標準“客戶端-服務(wù)器”結(jié)構(gòu),兩端可同時至少支持Windows和Linux操作系統(tǒng),所有模塊都支持工作流技術(shù)。
4) 所有模塊必須能實現(xiàn)數(shù)據(jù)共享,同時能夠在局域網(wǎng)上浮動運行。為保證全部軟硬件系統(tǒng)的安全性、可維護性和保密性,所有模塊在運行時只允許使用一個許可證加密文件。
5) ▲具有同源建模、分子對接、蛋白質(zhì)設(shè)計、分子動力學(xué)模擬、QM/MM計算、藥效團模型、QSAR模型、TOPKAT、PharmaDB等功能模塊。
6) ★要求軟件的所有模塊必須為永久使用權(quán),提供一年免費升級。
7) 要求提供教育科研版、教學(xué)版。
2、 軟件功能模塊技術(shù)要求
1)提供核心基礎(chǔ)模塊包,實現(xiàn)基本的分子結(jié)構(gòu)顯示、分子構(gòu)建、結(jié)果分析、Perl腳本編程、任務(wù)管理等工具,基于工作流平臺實現(xiàn)軟件所有模塊之間的無縫操作鏈接流程。核心基礎(chǔ)模塊包主要功能包括:可視化界面,服務(wù)器/客戶端可安裝在同一臺機器上,提供化學(xué)/生物學(xué)數(shù)據(jù)顯示、模擬/分析、構(gòu)建三維分子、展示動態(tài)變化、三維作圖及許多其它功能;包含經(jīng)典的分子力學(xué)和動力學(xué)模擬工具,要求商業(yè)版本且與上述可視化界面完美結(jié)合,可通過可視化界面或者命令行兩種方式提交并完成計算任務(wù),并包括基于CHARMm力場的半柔性分子對接工具;蛋白質(zhì)、肽類和核酸結(jié)構(gòu)搭建、修改和分析的工具;可針對模建結(jié)果,進行蛋白質(zhì)氨基酸側(cè)鏈和loop區(qū)的優(yōu)化,提高模建結(jié)果的合理性;包括分子動力學(xué)模擬計算及其計算結(jié)果圖形分析工具,能夠分析和顯示蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)與配體復(fù)合物的分子動力學(xué)軌跡文件;基于自由能微擾方法精確計算小分子化合物組合庫的相對結(jié)合自由能;化合物和藥效團疊合并打分評估,為結(jié)構(gòu)修飾和改造提供信息;提供多樣、完全且快速的構(gòu)象模型生成工具,可產(chǎn)生化合物的多構(gòu)象模型;可進行QM/MM計算;密度泛函量子力學(xué)計算工具,計算分子中與電子相關(guān)的描述符。
2)提供基于小分子的設(shè)計工具包,主要功能包括:提供通過化學(xué)結(jié)構(gòu)預(yù)測吸收、分布、代謝、排泄(ADME)和毒理性質(zhì)的計算模型;化合物毒性預(yù)測工具,通過化合物的二維信息及高質(zhì)量的QSAR模型,同時利用“最佳預(yù)測空間”評估驗證技術(shù),對各類有機化合物的毒理性質(zhì)進行預(yù)測;建立Catalyst HipHop和HypoGen藥效團模型和管理藥效團數(shù)據(jù)庫,搜索藥效團數(shù)據(jù)庫;自動的藥效團產(chǎn)生工具,包括三種生成藥效團模型的方式;基于受體結(jié)構(gòu)反推與受體相作用的小分子的藥效團模型;基于配體三維結(jié)構(gòu)產(chǎn)生藥效團模型和基于受體-配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)產(chǎn)生藥效團模型;定量構(gòu)效關(guān)系研究,可以快速計算近千種的分子拓撲描述符、分子指紋等基本性質(zhì),并進行分析和統(tǒng)計建模;可使用貝葉斯模型、遺傳算法、偏最小二乘法以及多元線形回歸等多種統(tǒng)計方法;可設(shè)計和選擇虛擬組合庫。
3)提供基于受體結(jié)構(gòu)的小分子設(shè)計工具包,主要功能包括:提供多種CHARMm力場,可優(yōu)化DNA、RNA、糖類、脂質(zhì)、蛋白、多肽及小分子模型的高級力場參數(shù);產(chǎn)生全新的小分子或?qū)σ延心负诉M行側(cè)基改造;融合蛋白側(cè)鏈優(yōu)化、多種對接方法、配體多構(gòu)象生成等多種方法,使用經(jīng)典的CHARMm力場進行柔性對接;將柔性配體快速對接到受體相互作用區(qū)的對接;基于Ludi受體結(jié)構(gòu)的全新小分子設(shè)計;基于MCSS片斷的小分子設(shè)計。
4)提供蛋白質(zhì)模建工具,主要功能包括:對蛋白家族序列分析、結(jié)構(gòu)比對、進化蹤跡分析;自動同源蛋白建模;評價蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)模型是否相容;生物信息學(xué)序列搜索、分析工具;提供對X射線晶體學(xué)實驗數(shù)據(jù)到結(jié)構(gòu)構(gòu)建和精修的全套工具和工作流程;基于經(jīng)典的蛋白-大分子對接及優(yōu)化后的算法程序,通過可視化界面調(diào)用,快速而準確的預(yù)測蛋白-大分子復(fù)合物結(jié)果,并可對結(jié)果進行聚類分析;基于AggMap、SCM識別生物大分子中容易產(chǎn)生聚集效應(yīng)的表面區(qū)域位點及區(qū)域大小,繼而預(yù)測突變位點以提高蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性。
5)▲提供反向?qū)映绦?,主要功能包括:支持?PDB、AlphaFold數(shù)據(jù)庫抓取、清洗與標準化蛋白結(jié)構(gòu);內(nèi)置“人源-疾病-通路”三層級注釋體系,可一鍵生成面向中藥研究的專屬反向?qū)影袠藥欤ā?**,**0 結(jié)構(gòu));提供去冗余、側(cè)鏈補全、能量最小化、結(jié)合位點預(yù)測等預(yù)處理流程,確保后續(xù)對接精度。單分子/多分子批量模式無縫切換,多個化合物 vs 全庫靶標的并行對接;集成 DS LibDock、CDOCKER、GOLD三種算法,自動推薦最佳打分函數(shù)組合,兼顧精度與效率;結(jié)果以交互式圖表,支持直接導(dǎo)出高清圖表與可視化腳本。
軟件4
1) 要求提供可視化、分析、分享與交互。
2) 要求提供蛋白與配體結(jié)構(gòu)準備工作流。
3) 要求支持XED力場與OpenFF力場進行比較的幾何優(yōu)化。
4) 要求支持單核心與本臺機器不限核心數(shù)的分子對接計算,支持標準對接、模板對接、共價對接;支持蛋白構(gòu)象系綜對接。
5) 要求提供python GUI界面:通過python進行自動操作。
6) 要求用XED力場計算蛋白的靜電(正、負相互作用勢)、Vdw勢、疏水勢,可以用來研究蛋白結(jié)構(gòu)特點,蛋白設(shè)計、指導(dǎo)設(shè)計場互補的配體。
7) ★要求基于XED場的靜電互補性分析,可以定量的了解蛋白-配體的靜電互補性,為配體或蛋白設(shè)計提供指導(dǎo)。
8) 要求基于XED場的配體形狀與靜電疊合工具,可用于虛擬篩選、配體設(shè)計、QSAR分析、FEP計算等。
9) ▲要求分析、管理配體構(gòu)象,比如用QM、基于統(tǒng)計的扭轉(zhuǎn)角分析等來確保生成的構(gòu)象是合理的。
**) 要求基于CSD扭轉(zhuǎn)角數(shù)據(jù)庫的構(gòu)象質(zhì)量打分工具(需要CCDC的license支持),可以發(fā)現(xiàn)3D結(jié)構(gòu)的不合理之處。可用于構(gòu)象分析、分子對接、分子疊合等虛擬篩選后包含的高能構(gòu)象,這些構(gòu)象是虛擬篩選假陽性的主要原因。
**) 要求內(nèi)置不少于**0個化學(xué)反應(yīng),可以根據(jù)你提供的化學(xué)試劑,用這些反應(yīng)生成虛擬的化合物庫,確保這些化合物是你可以合成的,并用于后續(xù)的分子設(shè)計與虛擬篩選。
**) ▲要求提供分子結(jié)構(gòu)衍生化工具。從一個化合物出發(fā),可以對分子行進行結(jié)構(gòu)修飾以用用于苗頭到先導(dǎo)或先導(dǎo)化合物的優(yōu)化。
**) 要求對系列化合物進行基于R基團的分析,以了解這些化合物公共母核、可變側(cè)鏈、已經(jīng)探索過的化學(xué)空間、提示尚未被探索過的化學(xué)空間、R基團SAR等等。
**) 要求提供活性懸崖分析工具,從2D、3D角度分析結(jié)構(gòu)微小改變導(dǎo)致活性變化的原因。
**) ▲要求提供一種定性SAR分析工具。
**) 要求提供支持向量機、隨機森林、高斯過程、kNN、多層感知機等機器學(xué)習與深度學(xué)習方法,支持自動生成2D與3D描述符,用來建立2D/3D-QSAR模型(回歸與分類)。支持自動模式,可以自動用各種模型探索,然后保留最佳的方法,還支持多個方法一致性的模型。除此之外,還支持PCA與PLS的3D-QSAR。
**) 要求當缺乏蛋白-配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)時,可以用FieldTemplater從幾個結(jié)構(gòu)不同但是結(jié)合于同一口袋的配體出發(fā)建立靜電與形狀相似的“藥效團”模型,以預(yù)測這些化合物潛在的生物活性構(gòu)象。
**) ▲要求內(nèi)置現(xiàn)代的量子力學(xué)計算工具,可以用來進行幾何優(yōu)化、分子靜電分析、構(gòu)象能計算、溶劑化自由能計算、分子力場自動擬合,結(jié)構(gòu)構(gòu)象張力能計算。
**) 要求支持快速的單點MM/GBSA與基于MD軌跡的MM/GBSA方法進行結(jié)合自由能預(yù)測,用于同系物的優(yōu)先級排序。
**) 要求提供同源建模服務(wù)器,實現(xiàn)從序列到3D結(jié)構(gòu)的預(yù)測。
**) ★要求提供高精度的分子動力學(xué)模擬預(yù)測水合位點及其熱力學(xué)性質(zhì)計算,可以用來指導(dǎo)基于結(jié)構(gòu)的設(shè)計與虛擬篩選。
**) 要求提供基于格點的水合位點及其熱力學(xué)性質(zhì)計算,可以用來為分子動力學(xué)模擬、FEP計算結(jié)合自由能等提供高質(zhì)量的蛋白結(jié)構(gòu)準備工作。
**) 要求高精度的絕對結(jié)合自由能計算方法。
**) ▲要求提供蛋白結(jié)合位點預(yù)測工具,并對潛在的結(jié)合位點打分,評估可成藥行。追蹤分子動力學(xué)模擬軌跡結(jié)合口袋的形狀變化。
**) ★要求提供自動化配體力場生成工具。分子動力學(xué)模擬與FEP計算等依賴精確的配體力場,該模塊提供了基于QM與深度學(xué)習勢的配體分子力場生成工具。
**) 要求提供分子動力學(xué)模擬工具,支持GCNCMC水分子增強采樣。
**) 要求提供相對結(jié)合自由能計算工具,支持基于QM與深度學(xué)習勢的自動配體參數(shù)生成,支持GCNCMC水分子增強采樣,支持本地與云資源至少**0張GPU卡。
**) 要求提供命令行界面,提供python編程庫以及命令行版本。
**) 提供單機版,授權(quán)給指定用戶,指定用戶及其課題組成員(不超過**人)可用。
**)授權(quán)有效期:授權(quán)之日起5年,且5年內(nèi)支持免費升級。
軟件5
1、計算軟件功能要求:
1) 支持分子力學(xué)計算,包括Amber、Dreiding和UFF力場;
2) 支持半經(jīng)驗方法,包括CNDO/2、INDO、MINDO3、MNDO、AM1、PM3、PM3MM、PM6、PDD、PM7;
3) ▲支持量子化學(xué)從頭算方法;
4) EOMCC 耦合簇運動方程(EOM-CC)方法支持結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
5) 支持純密度泛函方法計算中使用基組的密度擬合技術(shù);
6) 支持純密度泛函方法計算中使用通用長程校正方案(LC);
7) ▲支持雜化密度泛函方法,M** family, MN**, MN**L等泛函;
8) 支持雙雜化密度泛函方法,DSDPBEP**, PBE0DH及PBEQIDH;
9) 支持將分子內(nèi)各個片段的初始猜測整合為對整個分子的初始猜測;
**) 支持ONIOM分層計算方法;支持HF、DFT和ONIOM(MM:MO)等級下的BOMD和ADMP分子動力學(xué)計算;
**) 支持紅外、拉曼、共振拉曼、核磁、振動圓二色等基態(tài)光譜的計算,VCD及ROA光譜支持非諧振計算;
**) 支持激發(fā)態(tài)的幾何構(gòu)型優(yōu)化和頻率分析,激發(fā)態(tài)計算支持解析頻率、過渡態(tài)優(yōu)化(TS)及內(nèi)稟反應(yīng)坐標計算(IRC);
**) 支持溶液中指定態(tài)的激發(fā)或者去激發(fā)計算,激發(fā)態(tài)電荷轉(zhuǎn)移分析;
**) 支持電子振動光譜計算
**) 支持量子化學(xué)組合方法:Gn、CBS系列和W1系列方法;
**) 支持Linux系統(tǒng)。
2、可視分析軟件要求
1) 顯示分子結(jié)構(gòu)及相關(guān)信息
2) 提供各種建模方式、模板和坐標
3) 計算設(shè)置和運行
4) 顯示化學(xué)計算軟件的計算結(jié)果、數(shù)據(jù)和圖形;支持Windows系統(tǒng)。
軟件6
1) 可計算幾何性質(zhì)、電子性質(zhì)、狀態(tài)方程和力學(xué)性質(zhì)、表面性質(zhì)、光學(xué)性質(zhì)、磁學(xué)性質(zhì)、材料激發(fā)態(tài)(GW準粒子修正)
2) 支持從頭分子動力學(xué)模擬并能夠計算電聲耦合;
3) ▲支持多種泛函包括:AM**、PBEsol、PBE、rPBE、BLYP、HSE**、PBE0、B3LYP、vdW-DF、vdW-DF2、revTPSS、TPSS、M**-L;
4) 支持Screened Exchange和Hartree-Fock等非局域相互作用方法;支持OpenMP和MPI混編,OpenAcc支持GPU;支持介電相關(guān)雜化泛函(DDH/DSH);
5) 能夠基于Space-time計算極化率,適用于研究大體系;能夠應(yīng)用Space-time算法(Low Scaling ACFDT/RPA)得到精確的能量、力和聲子譜;
6) 能夠應(yīng)用Space-time算法在ACFDT/RPA理論層面上自動優(yōu)化原子位置;能夠應(yīng)用Moeller-Plesset微擾理論(MP2)得到精確能量;
7) 支持on-the-fly機器學(xué)習力場;
8) 要求三年內(nèi)提供小版本免費升級。
客戶端
1) 要求提供不低于8核處理器以及提供一塊不少于8G顯存的顯卡
2) 要求提供不少于**2GB SSD硬盤以及提供不少于**G內(nèi)存
3) 要求配套不小于**寸電腦顯示器及鍵盤鼠標
4) 要求數(shù)量:3套(每套含主機、顯示器、鍵盤、鼠標)